Alacahöyük, Eski Tunç Çağı ve Hitit dönemlerinde büyük bir kült merkezi ve sanat merkezi olarak önemli bir konumda yer almıştır. Bu özel yerleşim alanında dört farklı uygarlık çağına ait izler bulunmaktadır.
Alacahöyük’ün birinci uygarlık katı, Hellenistik, Roma, Bizans, Selçuklu-Osmanlı dönemlerini içerir. Bu katmanın içerisinde, Geç Frig döneminde höyüğün her alanı yerleşim görmüştür. Küçük evlerden oluşan bu katmanın, seramik buluntularına göre M.Ö. 650’den daha eski olduğu belirlenmiştir.
İkinci uygarlık katında, büyük tapınaklar, özel blok yapıları, sokaklar, su kanalları, şehir surları ve sfenkslerle süslenmiş kabartmalı ve poternli anıtsal kapılar gibi unsurlarla Hitit İmparatorluk Çağı’nın tipik temsilcisi olan şehir yapısı yer alır. Büyük ve küçük su kanalları, şehir suru ve özellikle kabartmalı sfenkslerle dekore edilmiş anıtsal kapılar, dikkat çekici mimari örneklerindendir. Sfenksli Kapı, genişliği 10 metre olan ve büyük tapınağa giden yolun girişini belirleyen bir anıtsal geçittir.
Üçüncü uygarlık katı, Eski Tunç Çağı’nı (M.Ö. 2500-2000) temsil eder. Bu katman içinde yer alan yerel Hatti uygarlığının hanedan mezarları, Hitit kültürünün temelini oluşturan önemli buluntulardır. Bu döneme ait mezarlar, özel bir bölgede toplanmış ve dört tarafı taş duvarlarla çevrili dikdörtgen yapılar şeklindedir. Mezarların içi ahşap hatıllarla kapatılmış ve damlarına kurban edilmiş sığır başları ve bacakları yerleştirilmiştir. Altın, gümüş, elektrum, bakır, tunç, demir ve değerli taşlardan oluşan zengin ölü hediyeleri, bu mezarların hanedana ait olduğunu göstermektedir. Altın ve gümüş kapların işlemeli ve kakmalı tekniklerle süslenmesi, ince işçilik ve zanaat becerilerinin ürünleridir.
Dördüncü uygarlık katı ise Geç Kalkolitik Çağ’a aittir ve ana toprak üzerine kurulmuş ilk uygarlığın izlerini taşır.